Existe um comando powershell para isso:
Set-WebConfigurationProperty
Você pode gerar seu comando facilmente na GUI do IIS. Escolha o servidor (nível superior do IIS) e, em seguida, o Editor de configuração. Vá para a seção 'system.applicationHost / log'. Faça suas edições e encontre o link "Gerar script".
Aqui está um exemplo rápido de algo que eu uso para nossos servidores de aplicativos.
Set-WebConfigurationProperty -pspath 'MACHINE/WEBROOT/APPHOST' -filter "system.applicationHost/log/centralW3CLogFile" -name "logExtFileFlags" -value "Date,Time,ClientIP,UserName,SiteName,ComputerName,ServerIP,Method,UriStem,UriQuery,HttpStatus,Win32Status,TimeTaken,ServerPort,UserAgent,Referer,HttpSubStatus"
Se isso lhe causar problemas, você também pode usar a ferramenta appcmd com algo parecido com isso (atualizar MySiteName para o nome do site do IIS e id = '6' para o ID do seu site):
C:\windows\system32\inetsrv\Appcmd set config -section:sites /[name='"MySiteName"',id='6'].logFile.logExtFileFlags:Date,Time,ClientIP,UserName,ServerIP,Method,UriStem,HttpStatus,Win32Status,TimeTaken,ServerPort,UserAgent,Cookie,HttpSubStatus