Eu resolvi o problema adicionando uma regra de segurança em /etc/security/access.conf :
-:ALL EXCEPT root [user] ([myldapgroup]):ALL
* substitua [user] pelo meu nome de usuário local (para que eu possa fazer login localmente) e [myldapgroup] pelo grupo ldap com permissão para efetuar login.
E adicionando esta linha ao início de /etc/pam.d/common-account :
account required pam_access.so
Agora, apenas root , [user] e usuários que pertencem a [myldapgroup] podem fazer login.
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