Essas mensagens que você recebe do Linode não são avisos - elas são respostas aos limites configuráveis pelo usuário para a utilização de recursos. Embora essas notificações não signifiquem necessariamente que algo esteja errado na sua VM ou que você precise alterar alguma coisa, um aumento súbito de I / O / CPU / etc. pode ser indicativo de algo dar errado, portanto, você precisará acessar seus registros para se certificar de que é possível identificar a origem da carga adicional de E / S.
Em relação às suas perguntas maiores sobre o pedido de veiculação: qualquer coisa que toque o disco (seja leituras ou gravações) é considerada como oferta de veiculação. As exibições de página certamente causarão IO ao gravar arquivos de log, mas é provável que os dados php / mysql necessários para construir a exibição de página já estejam armazenados em cache na RAM, portanto, eles não causarão necessariamente IO.