Não, isso não aconteceria, porque se os clientes confiassem em um certificado raiz aleatório apresentado a eles, o ponto inteiro de um armazenamento confiável seria um tanto irrelevante.
Duas notas sobre sua pergunta:
- O algoritmo usado para assinar um certificado de âncora de confiança é irrelevante - a assinatura em si não é usada durante a validação.
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SSLCACertificatePath
não ajudaria de qualquer maneira, já que essa diretiva é usada apenas na validação de certificados de clientes, o que não é o que você está fazendo.