Como eu esperava, a solução para isso foi tremendamente simples : /etc/dovecot/conf.d/10-auth.conf
inclui dois arquivos: auth-system.conf.ext
para usuários do sistema e auth-mydomain.conf.ext
para usuários virtuais. A ordem que esses arquivos estão incluídos é importante, pois a pesquisa de usuários do sistema após usuários virtuais é facilmente realizada pela troca das duas linhas:
[...]
!include auth-mydomain.conf.ext
!include auth-system.conf.ext