Na origem, crie um pacote .deb correspondente ao procedimento de instalação manual usando o checkinstall:
sudo checkinstall make install
Quando o pacote é criado e instalado, você pode removê-lo:
sudo dpkg -r package_name
Normalmente, é melhor usar o checkinstall durante a instalação inicial, pois ele permite que você faça a reversão da instalação com facilidade.