Basta alterar os nomes dos arquivos para quebrar todos os tipos de coisas na interface da web. Começando com a visualização de logs antigos, como você mencionou, mas também incluindo todos os gráficos de tendências, relatórios de disponibilidade, histórico de alertas, histórico de notificações, etc.
Você teria que modificar o formato da data na fonte e recompilar para corrigir tudo isso.
A melhor opção é definir use_syslog=1
no nagios.cfg e, em seguida, configurar o syslog para gravar os arquivos de log do nagios em outro local. Então você pode usar o logrotate para rotacioná-los com qualquer formato de nome que você queira.