Eu verificaria as permissões, mas também suas configurações no apache.
Houve algumas alterações em como permitir permissões para seu diretório ou projeto, o que, se o projeto fosse iniciado sob o apache2.2, precisaria de alguma atualização.
Guia de atualização do Apache
Para resumir uma das grandes pegadinhas: (citado do site linkado, ênfase adicionada)
Aqui estão alguns exemplos de formas antigas e novas de fazer o mesmo controle de acesso.
Neste exemplo, não há autenticação e todas as solicitações são negadas.
2.2 configuração:
Order deny,allow
Deny from all
configuração 2.4:
Exigir tudo negado
Neste exemplo, não há autenticação e todas as solicitações são permitidas.
2.2 configuração:
Order allow,deny
Allow from all
configuração 2.4:
Exigir tudo concedido
Verifique-as, bem como as permissões do seu diretório (certificando-se de que o usuário do seu servidor web possa acessar todos os diretórios no caminho para esta pasta).