Você está vendo um comportamento intencional.
Parece que você está esperando que os usuários acessem essas pastas navegando para os caminhos em "C: \ Usuários ...". Não é isso que a Microsoft pretendia. Eles pretendem que o usuário use as "Bibliotecas" ou outra funcionalidade de shell para acessar as pastas por meio de seus nomes semânticos, não com base no caminho físico. Não deve haver "links" para as pastas em "C: \ Usuários ..." - os usuários devem usar os ícones "Documentos", etc, para acessar seus arquivos.
Se você tem usuários acostumados a acessar "C: \ Usuários \ nome do usuário \ Documentos ..." para chegar ao site, eles precisarão ser treinados para usar o novo local.
Eu usei o Redirecionamento de Pastas lote ao longo dos anos, e eu nunca ouvi esse caso de uso antes. Parece que seus usuários têm uma maneira muito estranha de interagir com seus arquivos. Infelizmente, esse estranho método de interação parece estar em conflito com a ideia da Microsoft sobre como o recurso deve funcionar.