Acho que você não pode fazer isso apenas com anúncios de roteador.
Meu entendimento aqui é que você deseja a seguinte configuração:
2001:DB8::/48 via cisco
default via linux
O problema é que os anúncios do roteador não permitem especificar rotas estáticas. Eles apenas dizem a todos os hosts que sub-redes estão disponíveis na rede local (o que significa que eles podem ser acessados diretamente, sem o gateway). Seus sites remotos não estão na rede local, portanto não estão diretamente acessíveis, portanto, os anúncios dos roteadores não ajudariam.
Você pode conseguir isso adicionando rotas estáticas em todas as suas máquinas locais, mas isso vai ficar irritante rapidamente.
Eu sugeriria desativar os anúncios do roteador em seu dispositivo Cisco e configurá-los em sua máquina Linux. Então, em sua máquina Linux, adicione uma rota estática para 2001: DB8 :: / 48 através do dispositivo Cisco.
Seu tráfego interno ainda atingirá a máquina Linux primeiro, mas você não pode evitar isso apenas com anúncios de roteador.
Você pode ser capaz de fazer isso usando algum tipo de proxy vizinho IPv6 (isso faria todos os hosts remotos parecerem estar na mesma rede que sua estação de trabalho), mas eu não sugeriria isso a menos que você realmente não tenha outra opção.