A partir do Samba 4, as permissões de execução nos arquivos são aplicadas. O comportamento antigo com os clientes do Windows era permitir a execução independentemente. O Windows na verdade abre o arquivo de forma um pouco diferente se estiver sendo executado em vez de apenas lê-lo - e é por isso que você pode imprimir o arquivo sem problemas.
Defina as permissões de execução no arquivo ou adicione essa opção ao compartilhamento:
acl allow execute always
Isso restaurará o antigo comportamento de permitir que qualquer executável seja executado.
Veja este relatório de erros para mais detalhes.