A partir do seu primeiro link, posso ver que eles estão editando a configuração para todo o servidor, então vejo por que você está confuso. Para responder à sua pergunta simplesmente, você pode editar a configuração de um aplicativo específico, e não do site inteiro, acessando Gerenciador do IIS > Expanda o nome do servidor > Expanda Site > Clique no seu aplicativo abaixo do seu site > na coluna principal (meio) clique duas vezes no Editor de Configuração.
Você precisará selecionar a seção certa assim que estiver no editor de configuração do aplicativo. Veja minha captura de tela abaixo para um exemplo das diferentes seções que cada editor é capaz de editar.