Geralmente é seguro atualizar o .NET. Às vezes há aplicativos que fazem suposições sobre um comportamento específico do .NET (geralmente bugs, mas nem sempre), portanto, é sempre uma decisão prudente testar esses aplicativos com o 4.5 antes de aplicar a atualização.
Para ser claro, isso não mudará como o SO se comportará, mas poderá ajustar o comportamento dos aplicativos .NET instalados.