Existem 2 maneiras de conseguir isso. O primeiro é sujo e eu não o recomendarei - é o caminho mais rápido:
if ($msec ~ "(.*)\.(.*)") {
set $epoch_millis = "$1$2"
}
Isso é muito mais limpo, mas requer lua:
set_by_lua_block $epoch_millis { return string.gsub(ngx.var.msec, "%.", "") }
depois é só logar $ epoch_millis