Uma vez que o usuário tenha autenticado, suas permissões serão aplicadas, não a conta do Serviço FTP.
Como, por padrão, todos os usuários de FTP são membros do grupo local "Usuários de FTP", simplesmente vá para Propriedades - > Segurança - > Avançado - > Editar permissões e adicione uma entrada de permissão com as seguintes características na pasta raiz:
- Nome principal: "Usuários de FTP"
- Aplicar a: "somente esta pasta"
- Permissão: "Excluir subpastas e arquivos" - Negar