Se você estiver usando o Docky 2.1 ou posterior, deve haver uma notificação sonora quando o temporizador expirar. A versão nos repositórios Maverick é 2.0, então você precisará instalar o Docky do PPA de desenvolvimento para este característica.
Além disso, verifique se os sons do sistema estão ativados: Sistema> Preferências> Som e selecione o tema Ubuntu .