Tente verificar se algo está causando problemas em pacotes DNS com > 512 bytes. Este não deve ser o caso, mas há firewalls que incorretamente não permitem isso.
Se o problema não ocorrer consistentemente com pacotes grandes, mas ocorrer apenas com alguns servidores remotos específicos, parece que o problema está fora de seu controle.
Existem as edns-udp-size ( isso especifica o maior pacote que você anuncia que pode receber) e max-udp-size (isso especifica o maior pacote que você enviará) opções. Ambos padrão para 4096. Abaixando estes aumentará a probabilidade de respostas truncadas e fallback para TCP em suas respectivas direções (um é mais relevante para a recursão, o outro para autoritativo).
No entanto, só faz sentido alterar essas configurações se o problema estiver do seu lado, e não se você tiver acabado de se deparar com algum servidor remoto aleatório que tenha um problema. Por outro lado, se o problema está do seu lado, a melhor solução normalmente seria consertar o dispositivo de rede que causa o problema, em vez de configurar o bind para limitar o tamanho do pacote.