Usando o RDS: PowerShell Provider, você pode fazer o seguinte -
Import-Module RemoteDesktopServices
Set-Location RDS:\RDSConfiguration\Connections\RDP-Tcp\SecuritySettings
# Choose One of the following
Set-Item .\SecurityLayer 0 # Sets it to RDP Security Layer
Set-Item .\SecurityLayer 1 # Sets it to Negotiate
Set-Item .\SecurityLayer 2 # Sets it to SSL (TLS 1.0)
Você também pode encontrar a configuração em Computer Configuration -> Policies -> Administrative templates -> Windows Components -> Terminal Services -> Terminal Server -> Security
e defini-la usando a Política de Grupo.