Deixe o disco falhar ou executar até que você possa substituí-lo. O controlador é inteligente o suficiente para completar as leituras de seu par no intervalo.
Você também pode usar um disco de 3Gbps sem problemas. Discos rotativos / giratórios não chegam nem perto de saturar os links de 6Gbps ou 3Gbps, portanto não há problema algum. É provável que você esteja executando esses 16 discos em um backplane de expansão com excesso de assinaturas, portanto, a velocidade do link do disco não fará diferença nesse caso.