Não encontrei a causa, mas encontrei uma solução. O Adobe Reader lança o AdobeARM.exe para se definir como Leitor padrão. Então eu tenho que usar este comando para forçar o Adobe Reader como visualizador de PDF padrão após a instalação do Reader:
"C:\Program Files (x86)\Common Files\Adobe\ARM.0\AdobeARM.exe" /FixPDF {AC76BA86-7AD7-1031-7B44-AB0000000001}
O GUID é o Adobe MSI ProductCode.