Sim, ter uma máquina clonada causará problemas na atualização do SCCM e do (WSUS). O problema com o duplicado O cliente UUID / GUIDS é discutido neste blog da technet aqui .
Como isso é gerado no momento da instalação, você não deve clonar uma máquina com um cliente SCCM instalado, portanto, desinstale-o antes de clonar e instale-o no clone depois de concluir um sysprep. ( sysprep /genealize /oobe /reboot
é geralmente o que você quer).
Da mesma forma, você não deve clonar uma máquina que tenha ingressos de domínio, pois isso pode causar problemas com o Active Directory. Depois que o destino do clone for separado do domínio e o cliente do SCCM for desinstalado, você deverá ser capaz de cloná-lo com segurança (embora alguns softwares de terceiros também não lidem bem com a clonagem, portanto verifique com seus fornecedores). Uma vez que o clone terminou, sysprep a máquina de origem, em seguida, colocá-lo de volta no domínio e reinstalar o cliente SCCM.
Essa sequência criará adequadamente os valores de GUID, UUID e SID, o que evitará os problemas que surjam por haver computadores [indevidamente] clonados na mesma hierarquia do SCCM ou no domínio do Active Directory.