Ninguém entrou para dizer algo inteligente, então vou declarar o óbvio.
Sim, pode ser resultado da perda de dados no sistema de arquivos. Eu não posso falar pelo Ubuntu, mas os scripts de inicialização sshd do CentOS (estilo RH) fornecem a criação automática das chaves, se estiverem faltando, e eu presumo que o Ubuntu faz algo semelhante.
Se o sistema de arquivos da sua VM foi corrompido como resultado da falha do host subjacente, e que a corrupção tirou as chaves ssh do sistema, então, eu esperaria que eles fossem automaticamente regenerados e, portanto, alterados.
É isso que aconteceu? Infelizmente, neste momento, não acho que alguém possa dizer.
Se o seu sistema tivesse sido tripwire
d, então você teria algum tipo de auditoria de linha de base do FS com o qual você poderia comparar o estado atual para tomar uma decisão mais informada sobre o que exatamente aconteceu com o sistema. Imagem da VM. Do jeito que está, você terá que tomar uma decisão de negócios se esta máquina é sensível o suficiente para justificar uma reconstrução limpa completa, ou se você apenas dá de ombros e aceita isso como uma dessas coisas.