Use uma instrução if no seu bloco de servidor SSL para verificar o host:
server {
listen 443;
server_name www.mydomain.com mydomain.com;
ssl on;
ssl_certificate /path/to/www.mydomain.com_chain.pem;
ssl_certificate_key /path/to/www.mydomain.com.key;
if ($host = 'mydomain.com' ) {
rewrite ^/(.*)$ https://www.mydomain.com/$1 permanent;
}
...
}