Não parece que o cliente ncftp ofereça suporte a um comando de localização.
ncftp -uuser -ppassword box.tld <<EOF
find /home/iain -maxdepth 1 -type d -mtime +5 -exec echo {} \;
EOF
NcFTP 3.2.5 (Feb 02, 2011) by Mike Gleason (http://www.NcFTP.com/contact/).
Connecting to 192.168.254.188...
(vsFTPd 2.2.2)
Logging in...
Login successful.
Logged in to box.tld.
find: no such command. <----
Veja. você até recebe uma boa mensagem de erro para lhe dizer isso.