Do meu entendimento de como o IIS funciona, eu diria que isso não é possível de imediato.
O WAS do Windows Activation Service fica entre o http.sys no kernel e os vários processos de trabalho que executam os pools / sites de aplicativos.
Com base na configuração em arquivos existentes (ApplicationHost.Config / web.config), ele decide para onde rotear uma solicitação recebida. Ele pode iniciar um ApplicationPool existente, se ainda não estiver em execução, mas não pode criar um novo site com base em uma solicitação da Web.
Você pode conectar suas próprias extensões ao pipeline de processamento de solicitações, mas acho que apenas assim que a solicitação atingir seu processo de trabalho, não antes.
Você poderia escrever seu próprio ServiceHost como substituto do WAS, mas acho que não é uma tarefa pequena.
Eu começaria usando um script para criar novas instâncias de seus sites, passando as variáveis. Você pode criar facilmente centenas de sites para todas as suas diferentes configurações.
Se tiver que ser mais dinâmico, você pode adicionar um recurso ao seu aplicativo da Web que detecte a necessidade de um novo site, mostre uma página "voltar em 30 segundos" e envie uma mensagem para um serviço do Windows para crie um novo site. O novo site deve estar pronto em alguns segundos e pode responder a novos pedidos.