Use o comando rsync
. Ele preserva tudo com o que você se importaria e você especificou tudo o que importa.
Então, depois que você terminar, inicialize a partir de uma mídia ao vivo (o Ubuntu também possui discos vivos) e faça o rsync
novamente. Não vai demorar muito, já que o rsync é inteligente o suficiente para pular arquivos que já foram copiados. Isso fará com que você não perca nada, como arquivos em partições que tenham coisas montadas sobre eles ( /dev
vem à mente) ou já montou diretórios pessoais criptografados. É uma boa ideia fazê-lo após a reinicialização, pois você pode ter algumas sobras de aplicativos que estavam em execução no momento da sincronização quando o sistema estava funcionando e que normalmente são limpos após o encerramento.