No Linux, os dados dos arquivos são armazenados em inodes, que são sem nome. Cada vez que você cria um link para um arquivo (hardlink), ou seja, você adiciona um nome a ele, essa contagem de links é aumentada. Se você tiver um arquivo, a contagem de links será diminuída. Quando atinge 0, o arquivo é excluído.
Em alguns casos, a exclusão não acontece. Estamos falando de inode órfão (dados, mas ninguém apontando para eles). A contagem de links é então igual a 0.
Qualquer arquivo que você possa ver usando ls ou qualquer navegador de arquivos tem pelo menos uma contagem de links igual a 1.