O indicador "Bad blocks exists" da MegaCLI refere-se à tabela Soft Bad Block Management que funciona da seguinte forma (citação do MegaRaid docs ):
If the CU detects a media error on the source drive during rebuild, it initiates a sector read for that block. If the sector read fails, the CU adds entries to the Soft Bad Block Management (SBBM) table, writes this table to the target drive, and displays an error message.
Additional error messages are displayed if the SBBM table is 80% full or 100% full. If the SBBM table is completely full, the rebuild operation is aborted, and the drive is marked as FAIL.
A tabela SBBM não conteria as mesmas marcações "ruins" do que é relatado pela SMART, pois os critérios e métodos de ação são muito diferentes.
Veja quais dos seus drives estão relatando erros usando megacli -LDPDInfo -aAll
e faça um exame mais detalhado.