O SSHFS tem opções para ajustar seu cache - veja sua página de manual (existem opções tanto para o SSHFS quanto para o FUSE). Outra opção é o NFSv3 sobre SSH / VPN ou NFSv4, que pode fornecer criptografia por conta própria.
No entanto, se você estiver usando o servidor principalmente para armazenar seus dados em um local confiável, você poderá manter os arquivos localmente e rsync
(sobre ssh) de tempos em tempos (ele usa um algoritmo de transferência delta economizando largura de banda). Em outras palavras, crie o cache você mesmo e libere-o quando necessário. Você pode colocar a cópia local em uma partição criptografada se a segurança for uma preocupação e você tiver direitos totais sobre a estação de trabalho em questão (lembre-se também de criptografar a permuta nesse caso).