Eu encontrei exatamente esse mesmo problema hoje (também em um Amazon EC2 Linux AMI). Os testes que estão falhando estão "errados". (eles não eram executados anteriormente devido a falhas conhecidas em "algumas plataformas", mas, por razões desconhecidas, reativados no CGI v3.61, lançado em 2 de novembro de 2012)
Basicamente o script de teste está fazendo "chmod 500" em um diretório de teste (que não tem nada a ver com TMPDIR ou / tmp), então fazendo "-w $ testdir" para ver se o diretório é gravável posteriormente. Mas é claro que o root pode gravar em um diretório 500 sem erros. Portanto, esses testes devem falhar para qualquer pessoa que instale o CGI com privilégios de root.
Pelo que vejo, é perfeitamente seguro:
cpan > forçar a instalação do CGI