Se você colocar as duas máquinas virtuais no mesmo serviço de nuvem, as máquinas virtuais poderão conversar umas com as outras por meio de portas abertas nas VMs. Portanto, supondo que seu servidor MongoDB esteja em execução no 27017 e que o MongoDB Virtual Machine permita o tráfego tcp em 27017, sua VM da Web pode falar com o MongoDB.
Agora, para os pontos de extremidade: basta criar pontos de extremidade para as portas 80 e 443 e apenas na Web Virtual Machine. Não há necessidade de criar pontos de extremidade com balanceamento de carga, já que você nunca deseja tráfego do mundo externo atingindo sua VM do MongoDB. Neste ponto, as portas acessíveis somente a serão as definidas em seus pontos de extremidade (neste caso, 80 e 443). E, desde que eles não sejam pontos de extremidade com balanceamento de carga, o tráfego é direcionado apenas para uma única VM.
Para uma visão mais aprofundada sobre como as Máquinas Virtuais podem ser configuradas, leia a postagem no blog de Michael Washam,