O problema está aqui:
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9} /index.php HTTP/
A separação de espaço significa que apenas ^[A-Z]{3,9}
é considerado parte da regex (e o restante é tratado como uma flag - o que não funciona bem, como você encontrou).
Você precisaria envolvê-lo entre aspas:
RewriteCond %{THE_REQUEST} "^[A-Z]{3,9} /index\.php HTTP/"
Ou melhor ainda, basta usar um equivalente com uma sequência de correspondência menos meticulosa.
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/index\.php$