Ok, me deparei com algo sobre monit não carregar o ambiente do console e acho que não estava carregando o caminho correto do Ruby ou algo assim. De qualquer forma, comecei a trabalhar com o seguinte:
start program = "/bin/su - user -c '/usr/bin/thin -C /etc/thin/vocab.yml start -o 3000'"
O "/ bin / su - user -c" carrega o ambiente do shell do usuário (você precisa substituir isso pelo seu nome de usuário).