Sim - isso é esperado. Você atingiu um problema bastante comum com ligação de NIC a hosts, inundação de unicast. Como você observou, os temporizadores em seu switch para os endereços de hardware em questão, já que nenhum quadro originado desses endereços está sendo observado.
Aqui estão as opções gerais -
1.) Tempos limite de tabela de endereços mais longos. Num comutador L2 / L3 misto, os temporizadores ARP e CAM devem estar próximos um do outro (com o temporizador CAM a funcionar mais alguns segundos). Esta recomendação é válida independentemente do resto da configuração. Na chave L2, os temporizadores geralmente podem ser definidos por mais tempo sem muitos problemas. Dito isso, a menos que você desabilite os timers, você estará de volta na mesma situação eventualmente, se não houver algum tipo de tráfego proveniente desses outros endereços.
2.) Você poderia codificar os endereços MAC nos switches em questão (todos os switches no diagrama, infelizmente). Isso obviamente não é ideal por várias razões.
3.) Altere o modo de ligação no lado do Linux para um que use um MAC de origem comum (por exemplo, 802.3ad / LACP). Isso tem muitas vantagens operacionais se o seu switch for compatível.
4.) Gere arcos gratuitos através de um cron job de cada interface. Você pode precisar de alguns IP's fictícios nas várias interfaces para evitar uma condição de oscilação (ou seja, o IP do host percorre os vários endereços de hardware).
5.) Se é um problema de tráfego, basta ir ao 10GE! (desculpe - teve que jogar isso lá)
A rota do LACP é provavelmente a mais comum e suportável, e os switches podem ser configurados para equilibrar o tráfego de entrada para o servidor de maneira uniforme pelos vários links. Caso contrário, acho que a opção arp gratuita será a mais fácil de integrar.