Sim, vai. Na verdade, ele excluirá todas as partições C e D. do Windows. Primeiro, você deve criar partições diferentes para o Ubuntu e criar um backup para Windows para que, em caso de algum erro, você não use seus dados. Então, você deve ir para outra opção. Para o método passo a passo, um bom tutorial:
Será o Dual boot e o Ubuntu. Isso significa que você pode usar as duas janelas e o Ubuntu.
Se você quiser instalar apenas o ubuntu, então vá para as janelas de substituição com opções do ubuntu. Eu acho que você é um novato, então você deve ir para dual boot.