Não sei se você está perguntando como enviar mensagens SMS ou uma recomendação para aplicativos comuns de mensagens para o seu computador Ubuntu. Pelo que sei, você não pode usar seu computador para enviar mensagens SMS do seu número de telefone celular.
Se você tiver o serviço do Google Voice, poderá enviar mensagens SMS (e fazer chamadas telefônicas) desse número do Google Voice do Google Hangouts ou do Gmail no seu navegador, o que eu faço o tempo todo.
Se você estiver perguntando sobre aplicativos de mensagens, poderá usar web.whatsapp no Google Chrome no Ubuntu, e também pode fazer o download do Viber como um aplicativo no Ubuntu. Eu acredito que o Viber também pode fazer chamadas e enviar mensagens SMS, mas eu não uso essa funcionalidade e não posso ter certeza.