É possível que você tenha armazenamento que está chegando online após o início do SQL Server? Por exemplo, se o seu banco de dados mestre estiver no armazenamento da SAN que não está sendo anexado ao servidor até que o SQL Server tente inicializar. Isso fará com que o SQL Server apareça em um estado Parado após uma reinicialização, mas funcione quando você iniciá-lo manualmente. Você pode criar uma dependência para o serviço do SQL Server para evitar isso.
Você tem uma cópia do log de erros APÓS a inicialização? O que você forneceu parece que foi depois que você o iniciou manualmente e depois o desligou.