Você está apenas informando ao próprio SQL Server 2008 para usar apenas 2 dos núcleos disponíveis. O resto do seu sistema usará todos os 4 núcleos.
Se você tivesse um processador dual core, todo o seu sistema usaria apenas 2.
Qual é realmente a diferença entre desativar 2 dos núcleos como nesta captura de tela e ter uma máquina dual core
Eu acho que não é o mesmo que ter uma máquina dual core, certo? Você sabe onde posso encontrar alguma informação relacionada?