Eu tive esses problemas e consertei por algumas afinações no apache e no mysql
"upstream timed out" error in nginx
ou
INFO: task: apache2 (or mysql or nginx) blocked for more than 120 seconds.
esse problema ocorrerá quando o uso do recurso do apache for tão alto e indisponível. Se o mysql não responder rápido e atrasar a resposta às consultas, o apache aumentará seus níveis e sua memória ficará cheia e ... BoooOOM
o seu maior problema é o MYSQL e uma maneira fácil de corrigi-lo é instalar o aplicativo mysqltuner e fazer recomendações que
você precisará ajustar seu apache no segundo passo também! primeiro use "top" ou algo similar (em tráfego pesado no servidor) e encontre o encadeamento ativo máximo do tamanho do apache em mb. agora você deve levar o restante do servidor livre para o apache configurando MaxClients
por exemplo, se o seu ram for 12 e o seu mysql tiver 5 GB de ram - e o tamanho máximo do apache que encontrar for de cerca de 70mb, configure o MaxClients em 70 ~ 80 e deixe o resto do RAM para o OS. É tão importante que você configure seus serviços tão bem que eles não ocupam toda a memória disponível em tráfegos pesados!