Você pode usar o comando du para rastrear onde o espaço está sendo usado:
$ cd /
$ du -sm *
Isso pode levar algum tempo para ser executado, mas, quando concluído, listará os tamanhos de todos os subdiretórios de / . Depois de localizar o subdiretório maior, digamos /var , por exemplo, altere o diretório para /var e execute o comando du novamente.