Se você suspeitar que o arquivo web.config inclui um cabeçalho personalizado, por que você não dá uma olhada? : -)
Abra o arquivo web.config no seu editor XML favorito (prefiro o notepad ++), localize a seguinte seção:
system.webServer/httpProtocol/customHeaders
e veja se algum cabeçalho é adicionado. Seria algo como isto (assumindo que nada mais estava nesse arquivo web.config):
<configuration>
<system.webServer>
<httpProtocol>
<customHeaders>
<add name="x-robots-tag" value="noindex" />
</customHeaders>
</httpProtocol>
</system.webServer>
</configuration>
Você pode encontrar mais informações sobre o customHeaders no IIS.NET