Estou vendo algumas aspas não-padrão (aspas abertas, aspas próximas e outra coisa) no que você postou, e acho que é isso que o lighttpd está fazendo:
$HTTP["host"] =~ “(^|.)example.com$” { server.document-root = “/var/www/example.com″ }
Tente:
$HTTP["host"] =~ "(^|.)example.com$" { server.document-root = "/var/www/example.com" }