Parece que isso não foi um problema com o resolv.conf, mas com o nsswitch.conf. Parece haver alguns problemas com a resolução DNS e mdns4_minimal se o aplicativo for de 64 bits. Existem alguns bugs documentados, mas apenas para vincular um: Ubuntu Launchpad Bug # 140663 .
Desinstalar o pacote libnss-mdns resolveu meu problema.