Eu peguei com sucesso o que você poderia chamar de abordagem de marreta: inicializando com um Live CD Eu usei o GParted para mexer com as partições um pouco (eu brinquei com todas elas apenas para ter certeza, não sei o que acontece com as outras se você apenas fiddled com um), após a reinicialização em meu sistema tudo estava bem novamente. df, parted, fdisk, etc todos informaram os mesmos tamanhos e corrigem o espaço livre.
Se você tomar este curso de ação, certifique-se de obter backups de qualquer coisa importante para você.