O Innodb é um banco de dados transacional que armazena as alterações do banco de dados nos arquivos de log de transações, usando validação de soma de verificação, que confirma ou reverte as transações na próxima reinicialização após uma queda ou falta de energia.
O MyISAM não possui um sistema transacional para reverter confirmações de transação malsucedidas. Assim, a corrupção do banco de dados torna-se um grande problema em servidores flakey com poder de flakey.
Se a integridade dos dados e evitar a contenção de bloqueios (bloqueios de linha innodb vs bloqueios de tabela myisam) forem imprescindíveis, use o Innodb.