De acordo com os documentos do RDS usando o EBS como armazenamento de arquivos, você deve obter o mesmo nível de desempenho. Você pode tentar aumentar o tamanho do armazenamento do RDS para que os dados sejam divididos em vários volumes do EBS para aumentar o desempenho.
Uma das desvantagens de mover coisas para a nuvem é que você perde a capacidade de controlar muitas dessas coisas.