Arquivos e pastas que são diretos filhos físicos da raiz do FTP não podem ser ocultados. Você pode marcar esses arquivos e pastas como ocultos no Explorer, mas isso só impede que os navegadores mais casuais vejam subpastas e arquivos. Ainda é possível sobrescrever isso usando ls -a no cliente ftp.
Você só pode controlar a pesquisa de diretório dos diretórios virtuais em um site FTP do IIS 7.5. ou seja, onde você clicou no site e adicionou um diretório virtual mapeado a uma pasta não abaixo da raiz do site FTP:
Elesficamassimquandoadicionados:
Para controlar sua visibilidade, abra o recurso de navegação no diretório:
DesmarqueaopçãodelistagemdediretóriosDiretóriosvirtuaisecliqueemApply:
Também não há suporte para controlar a navegação no diretório na Extensibilidade do FTP ganchos, que foi outro lugar que eu olhei no passado.
Se você precisar de um nível mais refinado de controle sobre o seu site FTP, então terá que substituir o FTP do IIS por um servidor FTP com mais recursos, como o Filezilla (gratuito) ou Gene6 FTP (comercial) que é um produto que usamos (ele tem uma API de configuração COM que pode ser chamada de aplicativos .NET via interoperabilidade).