Resposta curta: Sim, você pode fazer isso funcionar, mas uma configuração essencial é garantir que você use um pool de aplicativos "modo clássico" e não um "modo integrado".
Resposta longa: primeiro, verifique se você está usando o ColdFusion 9.0.1, que oferece suporte a pools de aplicativos no modo integrado do IIS7, caso precise executá-los. No entanto, você não poderá usar validadores do ASP.NET em nenhuma parte de suas páginas ASP.NET se desejar executar o ColdFusion e o ASP.NET juntos no mesmo pool de aplicativos se estiver executando no modo integrado. Para que isso funcione, você deve executar no modo clássico, que não usa o pipeline de módulo / manipulador do IIS. Atualmente, há um bug no .NET framework (ainda não corrigido no .NET 4.0, pois testei isso no início desta semana e tive um bug enviado à Microsoft sobre isso) com a forma como o WebResource.axd é testado para sua configuração no Web.config ou applicationHost.config. O que acaba acontecendo é que a verificação inválida de WebResource.axd acaba atingindo o manipulador de todos os rastreadores do ColdFusion e o teste falha, exibindo uma tela amarela de morte informando que WebResource.axd não está configurado corretamente. Este é o beliche, pois está configurado corretamente por padrão e o código que eles fornecem na mensagem de erro para corrigi-lo está completamente errado.
Veja a postagem do IIS7.net sobre esse problema para mais informações sobre esse bug.