Isso dependerá muito do subsistema de disco. Em um host de máquina virtual compartilhada (como o EC2), isso será muito difícil de prever, porque o uso será dinâmico.
A melhor coisa que posso sugerir é tentar e ver o que acontece. Escreva um arquivo em lotes ou script powershell para criar pastas e medir o tempo necessário. Veja New-Item e veja este artigo / código para começar a fazer um temporizador. Depois de fazer isso, você deve ter uma boa noção de como isso vai funcionar.