Quando você instala o Xen, ele altera sua configuração de inicialização para iniciar o hypervisor Xen em vez do kernel do Linux. Você pode inicializar em um live CD e mostrar o conteúdo de / boot e /boot/grub/grub.cfg (ou menu.lst, depening em qual grub você tem)?
E qual é o conteúdo do /etc/grub.d/?